Frugten fra kaffetræet kaldes bær og er nogenlunde på størrelse med et kirsebær. Der er et tyndt skind og frugtkødet nedenunder omgiver kaffe frøet, som er det der ender med at blive det færdige produkt. Kaffebønner er altså i virkeligheden ikke bønner, men frø fra et bær.
Der er oftest to frø i et bær, og de ligger med den karaktaristiske flade side mod hinanden, “pakket ind” i en hård skal. Den kaldes pargamentlaget og fungerer som beskyttelse for frøet / kaffebønnen, så den ikke kommer i kontakt med bærets fugtige frugtkød.
Kaffebær der kun indeholder en kaffebønne er mindre og kaldes peaberry (ærtebær) eller perlebønne, med henvisning til størrelsen.
Nogle steder samles perlebønnerne og sælges som særligt eksklusive blends, der skulle have en bedre og mere delikat smag.